Датой рождения музея считается 9 мая 1965 года. Тогда в круглой башне Кисловодской крепости состоялось торжественное открытие первой экспозиции народного краеведческого музея.

В 1971 году народный музей получает новый статус и становится первым филиалом Ставропольского государственного краеведческого музея имени Г.К.Праве.

В 1979 году разрабатывается проект реставрации Кисловодской крепости специалистами института по реставрации памятников истории и культуры «Спецпроектреставрация». Решением городских властей в конце 80-х годов под музей передаются все помещения Кисловодской крепости. В структуру Кисловодского филиала в качестве отдела вливается музей истории космонавтики имени Ф.А.Цандера (1993).

В 1998 году в соответствии с постановлением Губернатора Ставропольского края музей передается в муниципальную собственность, становится самостоятельным муниципальным учреждением культуры и отныне зовется Кисловодский историко-краеведческий музей «Крепость».

К 200-летнему юбилею города и крепости, в 2003 году, создаётся стационарная экспозиция в большом зале, затем открываются выставки ещё в двух помещениях. Перед зданием музея формируется сквер имени 200-летия г. Кисловодска с ажурной металлической оградой. Разрабатывается концепция создания археологического музея под открытым небом «Горное эхо».

В 2005 году проводится очередная реорганизация музея. На основании распоряжения Правительства Ставропольского края Кисловодский историко-краеведческий музей «Крепость» передаётся в государственную собственность. Продолжается активное освоение новых экспозиционных площадей. Во внутреннем дворике создаётся экспозиция под открытым небом – лапидарий, происходит завершение реставрационных работ в помещении круглой башни Кисловодской крепости для размещения там выставочного зала музея. Окончательно оформляется музейная структура, при музее продолжает функционирование городская общественная организация «Краеведческое общество города Кисловодска».

В настоящее время в фондах музея хранится более 89000 тысяч музейных предметов. Наиболее интересной и многочисленной является археологическая коллекция. Весьма значительны и разнообразны этнографические материалы музея. Большую часть музейного собрания составляют военные реликвии. Уникальна космическая коллекция, представленная экспонатами музея истории космонавтики имени Ф.А.Цандера.

Ежегодно фонды музея увеличиваются в среднем на 1500 единиц хранения. У музея много истинных друзей, бескорыстных дарителей, передающих безвозмездно бесценные музейные реликвии.

Музей располагается в зданиях памятника истории и культуры ХIХ века федерального значения – Кисловодской крепости. Общая площадь помещений составляет 1174,2 кв. м, из них под экспозиции и выставки отведено 566,7 кв. м, под хранение фондов – 143,9 кв. м.

Каждый год с экспозициями и выставками музея знакомится более 70 тыс. посетителей, проводится более 1000 экскурсий. Помимо традиционных экскурсий в музее часто проводятся тематические вечера, вечера-встречи, заседания круглого стола, научно-краеведческие конференции и чтения, презентации и другие культурно-массовые мероприятия. В музейных залах звучит народная и классическая музыка, выступают национальные коллективы, фольклорные ансамбли.

Коллектив музея осуществляет активную экспозиционно-выставочную деятельность. Тематика создаваемых выставок чрезвычайно разнообразна.